中心紧密依托行业企业、产学研合作和自身学科的鲜明特色，在实践中形成了长效、稳定、高效的先进管理方法，构建了高效的实验室管理机制、学生管理和激励机制，形成了有效的人才培养质量考评体系，做到实验室、仪器设备、教学师资等由中心根据实验教学与建设统一调配，全面提高实验教学水平和实验室使用效益。为实现教学资源的共享和高效利用，中心实行主任负责制，由中心主任统筹安排、调配、使用实验教学资源和相关教育资源，实现优质资源共享，统一组织开展实验教学、实验教学改革与建设、实验室管理等各项工作。实验教学经费由学校下拨，实验教学方面的任务和要求由教务处与中心下达，学科建设和人员管理归属中心管理，形成了校院二级职责明晰并有机结合的二级管理体制与运行模式，成立中心实验教学工作委员会、考核聘任工作委员会、仪器设备论证采购指导委员会、实验课程建设与管理委员会和中心实验教学工作督导组等教学管理机构，建立了完整的教学管理和质量保障体系，建立校、院、实验中心三级实验教学质量监控体系，以现代化的网络平台及开放式管理体系为支撑，以课程评估、课程考核成绩评估、教学考核为载体运行教学评价系统。实验中心通过科学化、规范化、制度化和信息化的管理，在实验室教学安排、仪器设备使用、场地利用等方面，促进实验中心的全面开放，形成高效、有序的实验教学运行系统，促进实验教学质量的稳步提高，为学生自主实验、科学研究和个性化学习创造良好实验环境和条件。目前实验教学中心建有“上海应用技术大学应用化工实验教学示范中心”网站（chemlab.sit.edu.cn），服务于中心实验教学和实验管理的各个环节，此平台功能齐全，实用性好，使实验教学实现了时间、空间、实验项目及设备等的全方位开放，极大地提高了教学和实验室的管理水平。